Не секрет что многие элементы, например содержимое папки программы Windows хранит на диске в виде папок. Это системные папки. Полный список их для текущего пользователя. Обратите внимание на то, что папочку у разных пользователей могут быть разные, пути в находятся в реестре.
HKEY_CURRENT_USER\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\Shell Folders
Папок здесь много. Вы может пути этих папок править совершенно свободно и располагать их в любом месте. Конечно лазить в реестр и руками править не всегда удобно. Одна из программ которая может Вам помочь в этом является редактор системных правил подробнее читайте Шаг 8 - Ограничения пользователя Редактор системных правил. Доступ к ним можно получить и программными средствами. Итак пользователь работая в Windows получает ряд настроек из реестра. Эти настройки описывают папочки которыми пользуется пользователь и на основе которых строиться интерфейс. Вы можете менять их из реестра, используя другое ПО например редактор системных правил и должны учитывать их при создании программ. Например при установке ПО для конкретного пользователя.